يتولى مكتب رئيس الجامعة مهمة ادارة كافة المهام والواجبات المنوطة برئيس الجامعة، حيث يعتبر حلقة الوصل بين رئاسة الجامعة وكافة مراكز العمل الاخرى في الجامعة، حيث يقوم المكتب بشكل اساسي بتنفيذ كافة الاعمال المكتبية منها المراسلة وادارة لقاءات الرئيس ومتطلبات اللجان، وكذلك كون المقر الرئيس للجامعة العربية المفتوحة ذو صفة دبلوماسية، فيقوم المكتب بمهمة التواصل مع البعثات الدبلوماسية والهيئات الاخرى اضافة الى تنسيق كافة الانشطة ذات العلاقة.